Este artículo diseña y despliega un enfoque experimental para evaluar la eficacia de una iniciativa de innovación social implementada en comunidades rurales situadas en las tierras altas de Perú, que enfrentaron los desafíos planteados por la pandemia de COVID-19 en medio de su implementación. Utilizando tres rondas de información recopilada antes, durante y después de la participación, se examina la eficacia del enfoque de desarrollo económico de innovación social en el aumento de los medios de subsistencia de los hogares. El estudio presenta mejoras robustas y estadísticamente significativas en el bienestar económico de los hogares, la satisfacción con la seguridad alimentaria y las perspectivas comunitarias para los hogares participantes en comparación con los hogares no participantes después de la participación en el programa. Los resultados sugieren que el programa de innovación social facilitó una reestructuración notable del portafolio de ingresos y actividades de subsistencia de los hogares hacia actividades más lucrativas y con mayor valor añadido. Esta transición se manifestó en un mayor involucramiento en emprendimientos empresariales y trabajo especializado asociado tanto con sectores agrícolas como no agrícolas, alejándose de las actividades agrícolas y ganaderas tradicionales. Las ganancias de ingresos derivadas de actividades de autoempleo y trabajo remunerado superan las pérdidas incurridas por la reducción de los ingresos agrícolas y ganaderos. Además, el análisis subraya la resiliencia de las vías innovadoras de generación de ingresos frente a la pandemia de COVID-19, superando las cadenas de valor agrarias tradicionales. Estos hallazgos destacan la eficacia de la programación de innovación social en la facilitación del desarrollo económico y también arrojan luz sobre estrategias sostenibles para la resiliencia económica en medio de desafíos imprevistos, como la reciente crisis de salud global.